金識原(GenseqPM)感染病原高通量檢測

金匙醫學案例追蹤十七:泛耐藥鮑曼不動桿菌,mNGS定乾坤

  • 分類:醫學研究及應用
  • 作者:探索筆 萬鵬
  • 來源:
  • 發布時間:2020-07-22 12:12
  • 訪問量:

【概要描述】患者男,64歲,主訴:咳嗽咳痰4月余,加重伴胸悶、呼吸困難3天。mNGS僅需48h就可以對肺泡灌洗液鑒定出結果,同時mNGS檢出OXA-73和ADC-82耐藥基因,對頭孢菌素類、青霉烷等耐藥,與痰培養、肺泡灌洗液的培養結果高度一致,展示了宏基因組測序在臨床診斷中的優勢。

金匙醫學案例追蹤十七:泛耐藥鮑曼不動桿菌,mNGS定乾坤

【概要描述】患者男,64歲,主訴:咳嗽咳痰4月余,加重伴胸悶、呼吸困難3天。mNGS僅需48h就可以對肺泡灌洗液鑒定出結果,同時mNGS檢出OXA-73和ADC-82耐藥基因,對頭孢菌素類、青霉烷等耐藥,與痰培養、肺泡灌洗液的培養結果高度一致,展示了宏基因組測序在臨床診斷中的優勢。

  • 分類:醫學研究及應用
  • 作者:探索筆 萬鵬
  • 來源:
  • 發布時間:2020-07-22 12:12
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詳情

  1、病史及主訴

 

  患者男,64歲,主訴:咳嗽咳痰4月余,加重伴胸悶、呼吸困難3天。

 

  患者2019年12月受涼后出現咳嗽、咳痰、白痰易咳出,在當地診所以”上呼吸道感染”給予口服藥物治療,咳嗽咳痰未緩解。

 

  2020年2月前患者出現活動時喘息,伴有夜間陣發性呼吸困難,在當地醫院門診診治,給予口服藥物治療,仍有活動時喘息,較前癥狀減輕。

 

  4月11日患者休息中出現咳嗽、咳痰癥狀加重,伴有胸悶、呼吸困難癥狀,全身大汗,入住當地醫院重癥監護病房,行氣管插管呼吸機應用等治療。為進一步治療,4月14日轉入省級醫院重癥醫學科,自患者4.11發病來,神志不清,氣管插管,留置胃管,留置尿管,大便正常,體重無明顯變化。

 

  2、診治過程

 

  2020-04-14入院檢查

 

  患者入院體格檢查:

 

  體溫36.2℃,脈搏129次/分,呼吸機頻率12次/分,血壓96/70mmg,兩側瞳孔等大同圓,直徑約.5mm,對光反射靈敏,雙下肺呼吸音粗,雙肺可聞及濕性啰音,無胸膜摩擦音,心前區無隆起,心尖搏動彌散,心濁音界擴大,心率174次/分,心音強弱不齊等,心律絕對不齊,各瓣膜聽診區未聞及雜音,無心包摩擦音。

 

  腹平坦,無腹壁靜脈曲張,腹部柔軟,無壓痛、反跳痛,腹部無包塊。

 

  血常規:白細胞18.99( 10`9/L ),紅細胞4.78(10`12/L ),血紅蛋白143(g/l),血小板125( 10`9/L ),淋巴細胞計數0.69( 10`9/L );中性粒細胞百分比91.7%,, CRP134.73(mg/l),PCT0.3ng/ml

 

  初步診斷

 

  1、心力衰竭心功能Ⅳ級

  2、心律失常快心室率房顫

  3、冠心病陳舊心肌梗死不排除

  4、肺部感染

 

  3、現行治療方案與效果

 

  患者經驗性使用頭孢哌酮舒巴坦3.0gQ8治療,肺炎支原體抗體30.9(AU/ML) ,ENA18項、甲流+乙流快速檢測、PCT。

 

  細菌室:抗酸染色、尿常規+沉渣、真菌涂片等檢查未見明顯異常。

 

 

  4月16日痰涂片鏡檢可見革蘭氏陽性球菌,革蘭陰性桿菌,未見到真菌

 

  4月17日外周血、導管血、肺泡灌洗液同時送微生物室和mNGS檢查4月18日呼吸道標本(抽出痰)培養回報:泛耐藥鮑曼氏不動桿菌4月18日肺泡灌洗液鏡檢可見革蘭氏陰性桿菌,未見真菌4月19日mNGS檢測結果回報:外周血、導管血陰性,肺泡灌洗液結果如下:

 

  圖 肺泡灌洗液mNGS檢測結果

 

  圖 肺泡灌洗液mNGS耐藥基因檢測結果

 

  遂根據結果及結合痰培養結果,高度懷疑患者是泛耐藥鮑曼不動桿菌引起的肺部感染,調整抗感染藥物(比阿培南600mgQ12)及對癥處理。

 

  4月22日微生物肺泡灌洗液培養結果回報:泛耐藥鮑曼不動桿菌,血液培養陰性,再次確認致病菌是鮑曼不動桿菌。

 

  (泛耐藥定義為對常用的抗假單胞菌屬的青霉素類、頭孢菌素類、單環β內酰胺類、氨基糖苷類、喹諾酮類、碳青霉烯類、氯霉素類和利福平均耐藥的菌株 (中介菌株劃為耐藥) 。)

 

  圖 肺泡灌洗液鏡檢結果

 

  圖 肺泡灌洗液培養結果

 

  經過后續治療,患者各項生理指標逐漸正常(白細胞7.56*109/L,降鈣素原(PCT)0.05 ng/ml,C-反應蛋白(CRP)12.46mg/l),于4月25日轉出ICU,送到普通病房進行下一步治療。

 

  4、治療體會

 

  4月17日外周血、導管血、肺泡灌洗液同時送微生物室和mNGS檢查。

 

  ——從反饋結果來看各項檢測結果一致,表明測序從結果上高度可信。

 

  ——mNGS僅需48h就可以對肺泡灌洗液鑒定出結果,傳統微生物室培養需要5天之后才回報,在時效性宏基因組占據上風,對臨床來說是一大利好。

 

  ——同時mNGS檢出OXA-73和ADC-82耐藥基因,對頭孢菌素類、青霉烷等耐藥,與痰培養、肺泡灌洗液的培養結果高度一致,展示了宏基因組測序在臨床診斷中的優勢。

 

  ——另外宏基因組測序還可以提示其他種類的細菌、病毒等參考信息,可以幫助醫生快速、精準的找到致病菌,為臨床的治療提供有效的治療幫助。

 

  在很多臨床治療的過程中,微生物室的培養技術、條件不同,導致對細菌、真菌等檢出率不同,同時后續的藥敏試驗也有眾多不確定因素,給臨床病原菌的確定帶來了不少困惑。mNGS恰好可以彌補目前臨床的痛點,相信今后一定會在臨床發揮更重要的作用。

 

  參考文獻:葉勇,于榮國.泛耐藥鮑曼不動桿菌肺炎治療47例分析[J].吉林醫學,2011,32(06):1058-1059.

 

  關于金匙醫學

 

  “金匙Genskey”取“基因鑰匙”的含義,寓意企業以基因科技作為破解感染診斷難題的金鑰匙。金匙醫學研發中心坐落于北京中關村昌平生命科學園,是中關村高新企業,第三方醫學檢驗所分別位于天津、上海,另在天津建有GMP車間,生產病原診斷醫療器械。金匙醫學的核心技術是感染病原高通量檢測技術,為廣大醫療工作者提供全面、準確、快速的病原微生物檢測產品及服務。金匙醫學已獲得數個I類,II類注冊證,2項已授權發明專利,二十余項計算機軟著。

 

  金匙醫學與中日友好醫院、北京大學人民醫院、四川大學華西醫院等頂級醫學院所建立了深入合作關系,面向呼吸、血液、重癥、檢驗等科室,提供病原微生物宏基因組診斷產品及檢測服務的整體解決方案。

 

  在新型冠狀病毒疫情期間,金匙醫學聯合四川大學華西醫院開展SARS-Cov-2變異分析研究,并在國際病毒學權威雜志Journal of Virology發表合作研究論文。同時,金匙醫學開發的“新型冠狀病毒(2019-nCoV)IgM/IgG抗體檢測試劑盒(膠體金法)”、“新型冠狀病毒(2019-nCoV)核酸檢測試劑盒(熒光PCR法)”和“新型冠狀病毒(2019-nCoV)核酸檢測試劑盒(可逆末端終止法)”均已經取得CE準入資格。金匙醫學共計四個產品通過CE認證,分別涵蓋二代測序、PCR、膠體金三種技術平臺,滿足各種臨床檢測和科研需求,為全球疫情防控貢獻重要力量。

 

 

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